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四十八团卫生科于1997年成立，下属职工医院1个，卫生防疫站1个，连队卫生室11个服务总人口6909人。四十八团医院创建于1966年，属非营利性一甲医院，固定资产377万元（其中医疗器械约占121万元，房屋约占255万元），位于叶尔羌河东岸巴楚县河东新镇幸福路，占地面积17480平方米，房屋建筑面积4387平方米，床位定编35张.
医院职工总数54人（入编51人，聘用警卫2人，聘用清洁工1人），其中有卫生专业技术人员49人。
学历情况：专业技术49人中大学本科3人，大专学历24人，中专学历21人，无学历1人。
职称情况：取得副高职称5人，中级职称20人，初级师职称12人，初级士职称10人，无职称4人。
防疫站成立于1986年，房屋面积150平方米，有卫生技术人员5人，其中大专学历4人，无学历1人。近几年，四十八团医院改革人事分配制度，引入竞争机制，开拓医疗市场，加强内部管理，创造了良好的社会效益和经济效益，闻名两县九乡，服务人群扩展至15余万人。
现医院设置床位35张，设有外妇科、内儿科、医技科、门诊部及特检科室，能开展外科、妇科、五官科各类手术，有彩色B超、血球仪、全自动生化分析仪、尿十项检验仪、奥林巴斯显微镜、500毫安X光机、多参数监心电护仪、多功能麻醉机、高频电刀等设备。推行科学创新，发表省级以上论文50篇。争创先进集体和个人，曾多次荣获师级先进基层党组织、党风廉政建设先进集体、医疗改革先进单位、五好党支部等荣誉、巾帼文明示范岗称号，荣获师级优秀党务工作者、医疗管理先进个人、民族团结先进个人、青年岗位能手、十佳青年等个人荣誉称号35人次。
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